tag :: gdc | BibSonomy

закладки (спрятать)11
показать
всё
только закладки
закладки на страницу
5
10
20
50
100
RSS
BibTeX
XML

1A Pan-Cancer Analysis of Enhancer Expression in Nearly 9000 Patient Samples. - PubMed - NCBI
Cell. 2018 Apr 5;173(2):386-399.e12. doi: 10.1016/j.cell.2018.03.027. Research Support, N.I.H., Extramural; Research Support, Non-U.S. Gov't
6 лет назад , @marcsaric
shouldread
paper
gdc
cancer-research
pan-cancer
rna-seq
tcga
fulltext
shouldreadpapergdccancer-researchpan-cancerrna-seqtcgafulltext
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1Before and After: Comparison of Legacy and Harmonized TCGA Genomic Data Commons' Data - PubMed
We present a systematic analysis of the effects of synchronizing a large-scale, deeply characterized, multi-omic dataset to the current human reference genome, using updated software, pipelines, and annotations. For each of 5 molecular data platforms in The Cancer Genome Atlas (TCGA)-mRNA and miRNA …
4 лет назад , @marcsaric
comparison
paper
gdc
tcga
fulltext
benchmark
comparisonpapergdctcgafulltextbenchmark
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1Beyond Psychological Theory: Getting Data that Improves Games
Gamasutra Features "GDC 2002"
16 лет назад , @acagamic
gamasutra
game
gdc
gdc2002
psychology
data
feature
experience
gamasutragamegdcgdc2002psychologydatafeatureexperience
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1Bioinformatics Pipeline: Copy Number Variation Analysis - GDC Docs
https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/CNV_Pipeline/
6 лет назад , @marcsaric
pipeline
GDC
software
cancer-research
copy-number-variation
TCGA
pipelineGDCsoftwarecancer-researchcopy-number-variationTCGA
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1Bioinformatics Pipeline: DNA-Seq Analysis - GDC Docs
DNA Sequencing Pipeline of Genome Data Commons as applied to TCGA data. Including example shell script commands.
6 лет назад , @marcsaric
pipeline
GDC
software
cancer-research
TCGA
pipelineGDCsoftwarecancer-researchTCGA
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1Bioinformatics Pipeline: Methylation Liftover Pipeline - GDC Docs
https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Methylation_LO_Pipeline/
6 лет назад , @marcsaric
pipeline
GDC
software
methylation
cancer-research
TCGA
pipelineGDCsoftwaremethylationcancer-researchTCGA
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1Bioinformatics Pipeline: mRNA Analysis - GDC Docs
https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Expression_mRNA_Pipeline/
6 лет назад , @marcsaric
pipeline
GDC
software
cancer-research
MUSTREAD
fulltext
TCGA
pipelineGDCsoftwarecancer-researchMUSTREADfulltextTCGA
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1Common Workflow Language
https://github.com/common-workflow-language
6 лет назад , @marcsaric
pipeline
gdc
software
workflow
tcga
pipelinegdcsoftwareworkflowtcga
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1GitHub - NCI-GDC/gdc-dnaseq-cwl: CWL for GDC DNASeq workflows
CWL for GDC DNASeq workflows. Contribute to NCI-GDC/gdc-dnaseq-cwl development by creating an account on GitHub.
4 лет назад , @marcsaric
github
exome
gdc
software
workflow
cwl
dna-sequencing
tcga
fulltext
githubexomegdcsoftwareworkflowcwldna-sequencingtcgafulltext
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1Oncogenic Signaling Pathways in The Cancer Genome Atlas. - PubMed - NCBI
Cell. 2018 Apr 5;173(2):321-337.e10. doi: 10.1016/j.cell.2018.03.035. Research Support, N.I.H., Extramural
6 лет назад , @marcsaric
shouldread
paper
gdc
pathway
pan-cancer
tcga
fulltext
shouldreadpapergdcpathwaypan-cancertcgafulltext
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1Pathogenic Germline Variants in 10,389 Adult Cancers. - PubMed - NCBI
Cell. 2018 Apr 5;173(2):355-370.e14. doi: 10.1016/j.cell.2018.03.039. Research Support, Non-U.S. Gov't
6 лет назад , @marcsaric
shouldread
paper
gdc
germline
snp
snv
pan-cancer
tcga
fulltext
shouldreadpapergdcgermlinesnpsnvpan-cancertcgafulltext
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи

&lang;&lang;
⟨
1
&rang;
⟩⟩

публикации (спрятать)20
показать
всё
только публикации
публикации на страницу
5
10
20
50
100
расширенный...
RSS
BibTeX
RDF
дальше...

1An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics
J. Liu, T. Lichtenberg, K. Hoadley, L. Poisson, A. Lazar, A. Cherniack, A. Kovatich, C. Benz, D. Levine, A. Lee и 6 other автор(ы). Cell, 173 (2): 400-416 (апреля 2018)
5 лет назад , @marcsaric
shouldread
paper
gdc
survival
cancer-research
pan-cancer
tcga
fulltext
shouldreadpapergdcsurvivalcancer-researchpan-cancertcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Comprehensive Analysis of Alternative Splicing Across Tumors from 8,705 Patients
A. Kahles, K. Lehmann, N. Toussaint, M. Hüser, S. Stark, T. Sachsenberg, O. Stegle, O. Kohlbacher, C. Sander, S. Caesar-Johnson и 725 other автор(ы). Cancer Cell, 34 (2): 211--224.e6 (августа 2018)
6 лет назад , @marcsaric
IDH1
gdc
cancer-research
MUSTREAD
splicing
pan-cancer
tcga
fulltext
IDH1gdccancer-researchMUSTREADsplicingpan-cancertcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations
M. Bailey, C. Tokheim, E. Porta-Pardo, S. Sengupta, D. Bertrand, A. Weerasinghe, A. Colaprico, M. Wendl, J. Kim, B. Reardon и 37 other автор(ы). Cell, 173 (2): 371-385 (апреля 2018)
6 лет назад , @marcsaric
mustread
gdc
cancer-research
pan-cancer
drivers
tcga
fulltext
mustreadgdccancer-researchpan-cancerdriverstcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways
T. Network, R. McLendon, A. Friedman, D. Bigner, E. Van Meir, D. Brat, G. M. Mastrogianakis, J. Olson, T. Mikkelsen, N. Lehman и 222 other автор(ы). Nature, (сентября 2008)
6 лет назад , @marcsaric
shouldread
glioblastoma
gdc
cancer-research
glioma
tcga
fulltext
shouldreadglioblastomagdccancer-researchgliomatcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Creating a Computer Game Design Course
S. McCallum, J. Mackie, и L. Nacke. Proceedings of the New Zealand Game Developers Conference, NZGDC, (2004)
16 лет назад , @acagamic
fuse04
postmortem
gdc
developerconference
gamedesign
course
nzgdc04
teaching
education
article
fuse04postmortemgdcdeveloperconferencegamedesigncoursenzgdc04teachingeducationarticle
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1HTSeq - a Python framework to work with high-throughput sequencing data.
S. Anders, P. Pyl, и W. Huber. Bioinformatics, 31 (2): 166-169 (января 2015)
8 лет назад , @marcsaric
EMBL
GDC
python
software
bioinformatics
rpkm
MUSTREAD
sequencing
rna-seq
fulltext
EMBLGDCpythonsoftwarebioinformaticsrpkmMUSTREADsequencingrna-seqfulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Integrated Genomic Analysis of the Ubiquitin Pathway across Cancer Types
Z. Ge, J. Leighton, Y. Wang, X. Peng, Z. Chen, H. Chen, Y. Sun, F. Yao, J. Li, H. Zhang и 7 other автор(ы). Cell Rep, 23 (1): 213-226 (апреля 2018)
6 лет назад , @marcsaric
shouldread
gdc
cancer-research
pan-cancer
fulltext
shouldreadgdccancer-researchpan-cancerfulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Multiplatform analysis of 12 cancer types reveals molecular classification within and across tissues of origin
K. Hoadley, C. Yau, D. Wolf, A. Cherniack, D. Tamborero, S. Ng, M. Leiserson, B. Niu, M. McLellan, V. Uzunangelov и 23 other автор(ы). Cell, 158 (4): 929-944 (августа 2014)
6 лет назад , @marcsaric
shouldread
gdc
cancer-research
tissue
pan-cancer
tcga
fulltext
shouldreadgdccancer-researchtissuepan-cancertcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
2MuSE: accounting for tumor heterogeneity using a sample-specific error model improves sensitivity and specificity in mutation calling from sequencing data
Y. Fan, L. Xi, D. Hughes, J. Zhang, J. Zhang, P. Futreal, D. Wheeler, и W. Wang. Genome Biol, 17 (1): 178-178 (августа 2016)
4 лет назад , @marcsaric
shouldread
wxs
pipeline
exome
gdc
software
cancer-research
variant-calling
fulltext
shouldreadwxspipelineexomegdcsoftwarecancer-researchvariant-callingfulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
4Pindel: a pattern growth approach to detect break points of large deletions and medium sized insertions from paired-end short reads
K. Ye, M. Schulz, Q. Long, R. Apweiler, и Z. Ning. Bioinformatics, 25 (21): 2865-2871 (ноября 2009)
4 лет назад , @marcsaric
shouldread
wxs
pipeline
exome
gdc
software
cancer-research
variant-calling
fulltext
shouldreadwxspipelineexomegdcsoftwarecancer-researchvariant-callingfulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
3Sensitive detection of somatic point mutations in impure and heterogeneous cancer samples
K. Cibulskis, M. Lawrence, S. Carter, A. Sivachenko, D. Jaffe, C. Sougnez, S. Gabriel, M. Meyerson, E. Lander, и G. Getz. Nature Biotechnology, 31 (3): 213--219 (2013)
4 лет назад , @marcsaric
shouldread
wxs
pipeline
exome
gdc
software
cancer-research
variant-calling
fulltext
shouldreadwxspipelineexomegdcsoftwarecancer-researchvariant-callingfulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1SomaticSniper: identification of somatic point mutations in whole genome sequencing data
D. Larson, C. Harris, K. Chen, D. Koboldt, T. Abbott, D. Dooling, T. Ley, E. Mardis, R. Wilson, и L. Ding. Bioinformatics, 28 (3): 311-317 (февраля 2012)
4 лет назад , @marcsaric
shouldread
wxs
pipeline
exome
gdc
software
cancer-research
variant-calling
fulltext
shouldreadwxspipelineexomegdcsoftwarecancer-researchvariant-callingfulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1The chromatin accessibility landscape of primary human cancers
R. Akbani, C. Benz, E. Boyle, B. Broom, A. Cherniack, B. Craft, J. Demchok, A. Doane, O. Elemento, M. Ferguson и 27 other редактор(ы) (Ред.) Science, (2018)
6 лет назад , @marcsaric
shouldread
gdc
methylation
cancer-research
pan-cancer
tcga
fulltext
shouldreadgdcmethylationcancer-researchpan-cancertcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1The Immune Landscape of Cancer
V. Thorsson, D. Gibbs, S. Brown, D. Wolf, D. Bortone, T. Ou Yang, E. Porta-Pardo, G. Gao, C. Plaisier, J. Eddy и 46 other автор(ы). Immunity, 48 (4): 812-830 (апреля 2018)
6 лет назад , @marcsaric
shouldread
gdc
cancer-research
pan-cancer
immunology
tcga
fulltext
shouldreadgdccancer-researchpan-cancerimmunologytcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1The NCI Genomic Data Commons as an engine for precision medicine
M. Jensen, V. Ferretti, R. Grossman, и L. Staudt. Blood, 130 (4): 453-459 (июля 2017)
6 лет назад , @marcsaric
shouldread
pipeline
gdc
software
cancer-research
review
open-access
pan-cancer
tcga
fulltext
shouldreadpipelinegdcsoftwarecancer-researchreviewopen-accesspan-cancertcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
2Toward a Shared Vision for Cancer Genomic Data
R. Grossman, A. Heath, V. Ferretti, H. Varmus, D. Lowy, W. Kibbe, и L. Staudt. New England Journal of Medicine, 375 (12): 1109-1112 (2016)PMID: 27653561.
6 лет назад , @marcsaric
pipeline
gdc
software
harmonized-data
cancer-research
MUSTREAD
pan-cancer
tcga
fulltext
pipelinegdcsoftwareharmonized-datacancer-researchMUSTREADpan-cancertcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Uniform genomic data analysis in the NCI Genomic Data Commons
Z. Zhang, K. Hernandez, J. Savage, S. Li, D. Miller, S. Agrawal, F. Ortuno, L. Staudt, A. Heath, и R. Grossman. Nature Communications, 12 (1): 1--11 (февраля 2021)
4 лет назад , @marcsaric
shouldread
gdc
software
cancer-research
fulltext
shouldreadgdcsoftwarecancer-researchfulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Uniform Genomic Data Analysis in the NCI Genomic Data Commons
Z. Zhang, K. Hernandez, J. Savage, S. Li, D. Miller, S. Agrawal, F. Ortuno, L. Staudt, A. Heath, и R. Grossman. bioRxiv, (2019)
4 лет назад , @marcsaric
mustread
pipeline
gdc
software
workflow
cancer-research
tcga
fulltext
mustreadpipelinegdcsoftwareworkflowcancer-researchtcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
2VarScan 2: somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencing
D. Koboldt, Q. Zhang, D. Larson, D. Shen, M. McLellan, L. Lin, C. Miller, E. Mardis, L. Ding, и R. Wilson. Genome Res, 22 (3): 568-576 (марта 2012)
4 лет назад , @marcsaric
shouldread
wxs
gdc
software
workflow
cancer-research
variant-calling
tcga
fulltext
shouldreadwxsgdcsoftwareworkflowcancer-researchvariant-callingtcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
2VarScan: variant detection in massively parallel sequencing of individual and pooled samples
D. Koboldt, K. Chen, T. Wylie, D. Larson, M. McLellan, E. Mardis, G. Weinstock, R. Wilson, и L. Ding. Bioinformatics, 25 (17): 2283-2285 (сентября 2009)
4 лет назад , @marcsaric
shouldread
wxs
gdc
software
workflow
cancer-research
variant-calling
tcga
fulltext
shouldreadwxsgdcsoftwareworkflowcancer-researchvariant-callingtcgafulltext
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер

&lang;&lang;
⟨
1
&rang;
⟩⟩

BibSonomy

закладки (спрятать)11
показать
всё
только закладки
закладки на страницу
5
10
20
50
100
RSS
BibTeX
XML

1A Pan-Cancer Analysis of Enhancer Expression in Nearly 9000 Patient Samples. - PubMed - NCBI

1Before and After: Comparison of Legacy and Harmonized TCGA Genomic Data Commons' Data - PubMed

1Beyond Psychological Theory: Getting Data that Improves Games

1Bioinformatics Pipeline: Copy Number Variation Analysis - GDC Docs

1Bioinformatics Pipeline: DNA-Seq Analysis - GDC Docs

1Bioinformatics Pipeline: Methylation Liftover Pipeline - GDC Docs

1Bioinformatics Pipeline: mRNA Analysis - GDC Docs

1Common Workflow Language

1GitHub - NCI-GDC/gdc-dnaseq-cwl: CWL for GDC DNASeq workflows

1Oncogenic Signaling Pathways in The Cancer Genome Atlas. - PubMed - NCBI

1Pathogenic Germline Variants in 10,389 Adult Cancers. - PubMed - NCBI

публикации (спрятать)20
показать
всё
только публикации
публикации на страницу
5
10
20
50
100
расширенный...
RSS
BibTeX
RDF
дальше...

1An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics

1Comprehensive Analysis of Alternative Splicing Across Tumors from 8,705 Patients

1Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations

1Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways

1Creating a Computer Game Design Course

1HTSeq - a Python framework to work with high-throughput sequencing data.

1Integrated Genomic Analysis of the Ubiquitin Pathway across Cancer Types

1Multiplatform analysis of 12 cancer types reveals molecular classification within and across tissues of origin

2MuSE: accounting for tumor heterogeneity using a sample-specific error model improves sensitivity and specificity in mutation calling from sequencing data

4Pindel: a pattern growth approach to detect break points of large deletions and medium sized insertions from paired-end short reads

3Sensitive detection of somatic point mutations in impure and heterogeneous cancer samples

1SomaticSniper: identification of somatic point mutations in whole genome sequencing data

1The chromatin accessibility landscape of primary human cancers

1The Immune Landscape of Cancer

1The NCI Genomic Data Commons as an engine for precision medicine

2Toward a Shared Vision for Cancer Genomic Data

1Uniform genomic data analysis in the NCI Genomic Data Commons

1Uniform Genomic Data Analysis in the NCI Genomic Data Commons

2VarScan 2: somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencing

2VarScan: variant detection in massively parallel sequencing of individual and pooled samples

просмотр

сходные по теме тэги

закладки (спрятать)11 показатьвсётолько закладкизакладки на страницу5102050100 RSSBibTeXXML

публикации (спрятать)20 показатьвсётолько публикациипубликации на страницу5102050100 расширенный... RSSBibTeXRDFдальше...

просмотр

сходные по теме тэги

закладки (спрятать)11
показать
всё
только закладки
закладки на страницу
5
10
20
50
100
RSS
BibTeX
XML

публикации (спрятать)20
показать
всё
только публикации
публикации на страницу
5
10
20
50
100
расширенный...
RSS
BibTeX
RDF
дальше...