BioJava ist ein Open Source Projekt, dass sich zur Aufgabe gemacht hat, ein Java Framework für das Arbeiten mit biologischen Daten bereitzustellen. Zum Leistungsumfang gehört das Manipulieren biologischer Sequenzen, das Parsen von Dateien, der Zugriff auf BioSQL und Ensembl Datenbanken und Werkzeuge zur statistischen Analyse von Sequenzen.