Autojar dient dazu, jar-Archive minimaler Größe aus unterschiedlichen Qellen (eigenen Klassen, Verzeichnissen, Archiven) zu erzeugen. Ausgehend von einer oder mehreren Klassen wird der Bytecode rekursiv nach weiteren benutzten Klassen durchsucht; diese werden ggf. aus ihrem Archiv extrahiert und in die Ausgabedatei übernommen. Das resultierende Archiv enthält alle tatsächlich benutzten Klassen, und nur diese. Somit lassen sich z.B. Größe und Ladezeit von Applets klein halten oder Applikationen unabhängig von installierten Bibliotheken machen.