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1Analysis of 450k data using minfi
https://www.bioconductor.org/help/course-materials/2015/BioC2015/methylation450k.html
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1Methylation Array Data Processing
A slidedeck from the University of Bristol on Methlyation array QC. Somewhat older but including a few interesting starting points.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1DNA methylation signatures analysis with Illumina Infinitum MethylationEPIC and Infinium Human Methylation 450K BeadChip : Protocol Exchange
This protocol provides detailed instructions on Quality Control, EWAS, and CpG island signature discovery with Illumina Infinitum MethylationEPIC and Infinium Human Methylation 450K BeadChip data. R package minfi and caret was used in this analysis.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1MNP - Welcome
https://www.molecularneuropathology.org/mnp
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1minfi - Week Four | Coursera
Video created by Johns Hopkins University for the course "Bioconductor for Genomic Data Science". In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi Learn online and earn valuable credentials from top ...
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1A Patient-Centric Methylation Pipeline - f6cd437c9ba624976e2b5f0958b040d14b66.pdf
https://pdfs.semanticscholar.org/829b/f6cd437c9ba624976e2b5f0958b040d14b66.pdf
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1GenomeStudio Software
Visualize and analyze data generated on Illumina microarray platforms with GenomeStudio data analysis software.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1The Chip Analysis Methylation Pipeline
https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/ChAMP/inst/doc/ChAMP.html
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1DNA methylation signatures analysis with Illumina Infinitum MethylationEPIC and Infinium Human Methylation 450K BeadChip : Protocol Exchange
This protocol provides detailed instructions on Quality Control, EWAS, and CpG island signature discovery with Illumina Infinitum MethylationEPIC and Infinium Human Methylation 450K BeadChip data. R package minfi and caret was used in this analysis.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1Infinium Human Methylation 450K BeadChip Support
Infinium HumanMethylation450K BeadChip
vor 7 Jahren von @marcsaric
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1Brain Transcriptome Databases: A User's Guide
J. Keil, A. Qalieh, und K. Kwan. J Neurosci, 38 (10): 2399-2412 (März 2018)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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1"Gap hunting" to characterize clustered probe signals in Illumina methylation array data
S. Andrews, C. Ladd-Acosta, A. Feinberg, K. Hansen, und M. Fallin. Epigenetics Chromatin, (2016)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1Reconstructing A/B compartments as revealed by Hi-C using long-range correlations in epigenetic data
J. Fortin, und K. Hansen. Genome Biol, (August 2015)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1Low-level processing of Illumina Infinium DNA Methylation BeadArrays
T. Triche, D. Weisenberger, D. Van Den Berg, P. Laird, und K. Siegmund. Nucleic Acids Res, (April 2013)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1Functional normalization of 450k methylation array data improves replication in large cancer studies
J. Fortin, A. Labbe, M. Lemire, B. Zanke, T. Hudson, E. Fertig, C. Greenwood, und K. Hansen. Genome Biol, 15 (12): 503-503 (Dezember 2014)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1SWAN: Subset-quantile within array normalization for illumina infinium HumanMethylation450 BeadChips
J. Maksimovic, L. Gordon, und A. Oshlack. Genome Biol, (Juni 2012)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1Prediction of genome-wide DNA methylation in repetitive elements
Y. Zheng, B. Joyce, L. Liu, Z. Zhang, W. Kibbe, W. Zhang, und L. Hou. Nucleic Acids Res, 45 (15): 8697-8711 (September 2017)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1Validation of a DNA methylation microarray for 850,000 CpG sites of the human genome enriched in enhancer sequences
S. Moran, C. Arribas, und M. Esteller. Epigenomics, 8 (3): 389-399 (März 2016)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1A cross-package Bioconductor workflow for analysing methylation array data
J. Maksimovic, B. Phipson, und A. Oshlack. F1000Research, (April 2017)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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2DNA methylation-based classification of central nervous system tumours
D. Capper, D. Jones, M. Sill, V. Hovestadt, D. Schrimpf, D. Sturm, C. Koelsche, F. Sahm, L. Chavez, D. Reuss und 133 andere Autor(en). Nature, (März 2018)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1Comprehensive characterization, annotation and innovative use of Infinium DNA methylation BeadChip probes
W. Zhou, P. Laird, und H. Shen. Nucleic Acids Res, (Februar 2017)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1Using high-density DNA methylation arrays to profile copy number alterations
A. Feber, P. Guilhamon, M. Lechner, T. Fenton, G. Wilson, C. Thirlwell, T. Morris, A. Flanagan, A. Teschendorff, J. Kelly und 1 andere Autor(en). Genome Biol, (Februar 2014)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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2ChAMP: 450k Chip Analysis Methylation Pipeline
T. Morris, L. Butcher, A. Feber, A. Teschendorff, A. Chakravarthy, T. Wojdacz, und S. Beck. Bioinformatics, 30 (3): 428-430 (Februar 2014)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1ADMIRE: analysis and visualization of differential methylation in genomic regions using the Infinium HumanMethylation450 Assay
J. Preussner, J. Bayer, C. Kuenne, und M. Looso. Epigenetics Chromatin, (2015)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1shinyMethyl: interactive quality control of Illumina 450k DNA methylation arrays in R
J. Fortin, E. Fertig, und K. Hansen. F1000Res, (2014)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1MethLAB: a graphical user interface package for the analysis of array-based DNA methylation data
V. Kilaru, R. Barfield, J. Schroeder, A. Smith, und K. Conneely. Epigenetics, 7 (3): 225-229 (März 2012)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1CpGassoc: an R function for analysis of DNA methylation microarray data
R. Barfield, V. Kilaru, A. Smith, und K. Conneely. Bioinformatics, 28 (9): 1280-1281 (Mai 2012)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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2Minfi: a flexible and comprehensive Bioconductor package for the analysis of Infinium DNA methylation microarrays
M. Aryee, A. Jaffe, H. Corrada-Bravo, C. Ladd-Acosta, A. Feinberg, K. Hansen, und R. Irizarry. Bioinformatics, 30 (10): 1363-1369 (Mai 2014)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1MethylAid: visual and interactive quality control of large Illumina 450k datasets
M. van Iterson, E. Tobi, R. Slieker, W. den Hollander, R. Luijk, P. Slagboom, und B. Heijmans. Bioinformatics, 30 (23): 3435-3437 (Dezember 2014)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1ChAMP: updated methylation analysis pipeline for Illumina BeadChips
Y. Tian, T. Morris, A. Webster, Z. Yang, S. Beck, A. Feber, und A. Teschendorff. Bioinformatics, 33 (24): 3982-3984 (Dezember 2017)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1Preprocessing, normalization and integration of the Illumina HumanMethylationEPIC array with minfi
J. Fortin, T. Triche, und K. Hansen. Bioinformatics, 33 (4): 558-560 (Februar 2017)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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minfi
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MUSTREADepicfulltextilluminamethylationmicroarrayminfiquality-controlsoftware
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3Validation of the MethylationEPIC BeadChip for fresh-frozen and formalin-fixed paraffin-embedded tumours
T. Kling, A. Wenger, S. Beck, und H. Carén. Clin Epigenetics, (2017)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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1Critical evaluation of the Illumina MethylationEPIC BeadChip microarray for whole-genome DNA methylation profiling
R. Pidsley, E. Zotenko, T. Peters, M. Lawrence, G. Risbridger, P. Molloy, S. Van Djik, B. Muhlhausler, C. Stirzaker, und S. Clark. Genome Biol, 17 (1): 208-208 (Oktober 2016)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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1Discovery of cross-reactive probes and polymorphic CpGs in the Illumina Infinium HumanMethylation450 microarray
Y. an Chen, M. Lemire, S. Choufani, D. Butcher, D. Grafodatskaya, B. Zanke, S. Gallinger, T. Hudson, und R. Weksberg. Epigenetics, 8 (2): 203-209 (2013)PMID: 23314698.
vor 7 Jahren von @marcsaric
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1Large-scale gene expression data analysis: a new challenge to computational biologists
M. Zhang. Genome Res, 9 (8): 681-688 (August 1999)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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1Biomedical discovery with DNA arrays
R. Young. Cell, 102 (1): 9-15 (Juli 2000)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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fulltextmicroarrayprimary_paperreview
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1Genomics, gene expression and DNA arrays
D. Lockhart, und E. Winzeler. Nature, 405 (6788): 827-836 (Juni 2000)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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2Exploring the metabolic and genetic control of gene expression on a genomic scale
J. DeRisi, V. Iyer, und P. Brown. Science, 278 (5338): 680-686 (Oktober 1997)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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3Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray
M. Schena, D. Shalon, R. Davis, und P. Brown. Science, 270 (5235): 467-470 (Oktober 1995)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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1Light-directed, spatially addressable parallel chemical synthesis
S. Fodor, J. Read, M. Pirrung, L. Stryer, A. Lu, und D. Solas. Science, 251 (4995): 767-773 (Februar 1991)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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1Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis
E. Southern. J Mol Biol, 98 (3): 503-517 (November 1975)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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1Reverse phase protein arrays in signaling pathways: a data integration perspective
C. Creighton, und S. Huang. Drug Des Devel Ther, (2015)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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rppa
fulltextmicroarrayproteomicsreviewrppa
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2NCBI GEO: archive for functional genomics data sets--update
T. Barrett, S. Wilhite, P. Ledoux, C. Evangelista, I. Kim, M. Tomashevsky, K. Marshall, K. Phillippy, P. Sherman, M. Holko und 7 andere Autor(en). Nucleic Acids Res, 41 (Database issue): 991-995 (Januar 2013)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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database
genomics
microarray
databasegenomicsmicroarray
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1ArrayExpress update--simplifying data submissions
N. Kolesnikov, E. Hastings, M. Keays, O. Melnichuk, Y. Tang, E. Williams, M. Dylag, N. Kurbatova, M. Brandizi, T. Burdett und 8 andere Autor(en). Nucleic Acids Res, 43 (Database issue): 1113-1116 (Januar 2015)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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database
genomics
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databasegenomicsmicroarray
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2A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium
S. Consortium. Nat Biotech, 32 (9): 903--914 (September 2014)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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PAYWALLSHOULDREADmicroarrayqPCRquality-controlreviewrna-seqstatistics
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1Tweety-Homolog 1 Drives Brain Colonization of Gliomas
E. Jung, M. Osswald, J. Blaes, B. Wiestler, F. Sahm, T. Schmenger, G. Solecki, K. Deumelandt, F. Kurz, R. Xie und 12 andere Autor(en). J Neurosci, 37 (29): 6837-6850 (Juli 2017)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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1Large Scale Comparison of Gene Expression Levels by Microarrays and RNAseq Using TCGA Data
Y. Guo, Q. Sheng, J. Li, F. Ye, D. Samuels, und Y. Shyr. PLOS ONE, 8 (8): 1-10 (August 2013)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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1Validation of DNA methylation profiling in formalin-fixed paraffin-embedded samples using the Infinium HumanMethylation450 Microarray
S. Moran, M. Vizoso, A. Martinez-Cardús, A. Gomez, X. Matías-Guiu, S. Chiavenna, A. Fernandez, und M. Esteller. Epigenetics, 9 (6): 829-833 (Juni 2014)
vor 8 Jahren von @marcsaric
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microarray
FFPEfulltextmicroarray
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1Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue epigenomics using Infinium HumanMethylation450 BeadChip assays
T. de Ruijter, J. de Hoon, J. Slaats, B. de Vries, M. Janssen, T. van Wezel, M. Aarts, M. van Engeland, V. Tjan-Heijnen, L. Van Neste und 1 andere Autor(en). Lab Invest, 95 (7): 833-842 (Juli 2015)
vor 8 Jahren von @marcsaric
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