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1Before and After: Comparison of Legacy and Harmonized TCGA Genomic Data Commons' Data - PubMed
We present a systematic analysis of the effects of synchronizing a large-scale, deeply characterized, multi-omic dataset to the current human reference genome, using updated software, pipelines, and annotations. For each of 5 molecular data platforms in The Cancer Genome Atlas (TCGA)-mRNA and miRNA …
vor 4 Jahren von @marcsaric
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benchmark
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tcga
benchmarkcomparisonfulltextgdcpapertcga
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1Pan-cancer analysis reveals technical artifacts in TCGA germline variant calls. - Abstract - Europe PMC
https://europepmc.org/article/pmc/pmc5467262
vor 4 Jahren von @marcsaric
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LOF
exome
germline
paper
sequencing
snv
tcga
variant-calling
wxs
LOFexomegermlinepapersequencingsnvtcgavariant-callingwxs
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1GitHub - NCI-GDC/gdc-dnaseq-cwl: CWL for GDC DNASeq workflows
CWL for GDC DNASeq workflows. Contribute to NCI-GDC/gdc-dnaseq-cwl development by creating an account on GitHub.
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cwl
dna-sequencing
exome
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tcga
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cwldna-sequencingexomefulltextgdcgithubsoftwaretcgaworkflow
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1Oncogenic Signaling Pathways in The Cancer Genome Atlas. - PubMed - NCBI
Cell. 2018 Apr 5;173(2):321-337.e10. doi: 10.1016/j.cell.2018.03.035. Research Support, N.I.H., Extramural
vor 5 Jahren von @marcsaric
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pathway
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1A Pan-Cancer Analysis of Enhancer Expression in Nearly 9000 Patient Samples. - PubMed - NCBI
Cell. 2018 Apr 5;173(2):386-399.e12. doi: 10.1016/j.cell.2018.03.027. Research Support, N.I.H., Extramural; Research Support, Non-U.S. Gov't
vor 5 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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tcga
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1Pathogenic Germline Variants in 10,389 Adult Cancers. - PubMed - NCBI
Cell. 2018 Apr 5;173(2):355-370.e14. doi: 10.1016/j.cell.2018.03.039. Research Support, Non-U.S. Gov't
vor 5 Jahren von @marcsaric
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gdc
germline
pan-cancer
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snv
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fulltextgdcgermlinepan-cancerpapershouldreadsnpsnvtcga
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1Genomic and Molecular Landscape of DNA Damage Repair Deficiency across The Cancer Genome Atlas. - PubMed - NCBI
Cell Rep. 2018 Apr 3;23(1):239-254.e6. doi: 10.1016/j.celrep.2018.03.076.
vor 5 Jahren von @marcsaric
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MGMT
TP53
cancer-research
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machine-learning
pan-cancer
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tcga
MGMTTP53cancer-researchfulltextmachine-learningpan-cancerpapertcga
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1Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5902191/
vor 5 Jahren von @marcsaric
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machine-learning
pan-cancer
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tcga
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1Molecular Characterization and Clinical Relevance of Metabolic Expression Subtypes in Human Cancers. - PubMed - NCBI
Cell Rep. 2018 Apr 3;23(1):255-269.e4. doi: 10.1016/j.celrep.2018.03.077.
vor 5 Jahren von @marcsaric
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profiling
tcga
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1TCGA-Assembler
http://www.compgenome.org/TCGA-Assembler/
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=2&ved=2ahUKEwi3rfuUy93eAhVClSwKHdG4BAQQFjABegQIBBAB&url=https%3A%2F%2Fbioconductor.org%2Fhelp%2Fcourse-materials%2F2017%2FBioC2017%2FDay2%2FBOF%2FBioC2017_TCGA_GTEx_BOF%2FREADME.html&usg=AOvVaw1Ilmhk_Ba-h1X7h6epguXW
https://bioconductor.org/help/course-materials/2017/BioC2017/Day2/BOF/BioC2017_TCGA_GTEx_BOF/README.html
vor 6 Jahren von @marcsaric
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1The Immune Landscape of Cancer. - PubMed - NCBI
Immunity. 2018 Apr 17;48(4):812-830.e14. doi: 10.1016/j.immuni.2018.03.023. Epub 2018 Apr 5.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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1Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations. - PubMed - NCBI
Cell. 2018 Apr 5;173(2):371-385.e18. doi: 10.1016/j.cell.2018.02.060.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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1Machine Learning Detects Pan-cancer Ras Pathway Activation in The Cancer Genome Atlas. - PubMed - NCBI
Cell Rep. 2018 Apr 3;23(1):172-180.e3. doi: 10.1016/j.celrep.2018.03.046.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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SHOULDREAD
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pan-cancer
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ras
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1Cell-of-Origin Patterns Dominate the Molecular Classification of 10,000 Tumors from 33 Types of Cancer. - PubMed - NCBI
Cell. 2018 Apr 5;173(2):291-304.e6. doi: 10.1016/j.cell.2018.03.022.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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1Common Workflow Language
https://github.com/common-workflow-language
vor 6 Jahren von @marcsaric
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gdcpipelinesoftwaretcgaworkflow
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1GDC Reference Files | NCI Genomic Data Commons
https://gdc.cancer.gov/about-data/data-harmonization-and-generation/gdc-reference-files
vor 6 Jahren von @marcsaric
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GRCh38
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GRCh38TCGAexomereference-genomerna-seqtcga-platforms
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1Bioinformatics Pipeline: Copy Number Variation Analysis - GDC Docs
https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/CNV_Pipeline/
vor 6 Jahren von @marcsaric
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GDC
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GDCTCGAcancer-researchcopy-number-variationpipelinesoftware
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1Bioinformatics Pipeline: Methylation Liftover Pipeline - GDC Docs
https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Methylation_LO_Pipeline/
vor 6 Jahren von @marcsaric
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GDC
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methylation
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GDCTCGAcancer-researchmethylationpipelinesoftware
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1Bioinformatics Pipeline: mRNA Analysis - GDC Docs
https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Expression_mRNA_Pipeline/
vor 6 Jahren von @marcsaric
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GDC
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1Uniform Genomic Data Analysis in the NCI Genomic Data Commons
Z. Zhang, K. Hernandez, J. Savage, S. Li, D. Miller, S. Agrawal, F. Ortuno, L. Staudt, A. Heath, und R. Grossman. bioRxiv, (2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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mustread
pipeline
software
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cancer-researchfulltextgdcmustreadpipelinesoftwaretcgaworkflow
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1Scalable Open Science Approach for Mutation Calling of Tumor Exomes Using Multiple Genomic Pipelines
K. Ellrott, M. Bailey, G. Saksena, K. Covington, C. Kandoth, C. Stewart, J. Hess, S. Ma, K. Chiotti, M. McLellan und 730 andere Autor(en). Cell Systems, 6 (3): 271--281.e7 (März 2018)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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snp
snv
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cancer-researchfulltextindelpan-cancerpipelinesnpsnvtcgavariant-calling
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2VarScan 2: somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencing
D. Koboldt, Q. Zhang, D. Larson, D. Shen, M. McLellan, L. Lin, C. Miller, E. Mardis, L. Ding, und R. Wilson. Genome Res, 22 (3): 568-576 (März 2012)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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gdc
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tcga
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3VarScan: variant detection in massively parallel sequencing of individual and pooled samples
D. Koboldt, K. Chen, T. Wylie, D. Larson, M. McLellan, E. Mardis, G. Weinstock, R. Wilson, und L. Ding. Bioinformatics, 25 (17): 2283-2285 (September 2009)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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2Toward a Shared Vision for Cancer Genomic Data
R. Grossman, A. Heath, V. Ferretti, H. Varmus, D. Lowy, W. Kibbe, und L. Staudt. N Engl J Med, 375 (12): 1109-1112 (September 2016)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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ref
software
tcga
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tcga-lgg
tcga-platforms
cancer-researchfulltextrefsoftwaretcgatcga-gbmtcga-lggtcga-platforms
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1Identification of potential biomarkers related to glioma survival by gene expression profile analysis
J. Hsu, T. Chang, G. Lee, T. Lee, und C. Chen. BMC Med Genomics, 11 (Suppl 7): 34-34 (März 2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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glioblastoma
glioma
go-term
shouldread
survival
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cancer-researchfulltextglioblastomagliomago-termshouldreadsurvivaltcga
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1Differential Expression Profile of NLRs and AIM2 in Glioma and Implications for NLRP12 in Glioblastoma
N. Sharma, S. Saxena, I. Agrawal, S. Singh, V. Srinivasan, S. Arvind, S. Epari, S. Paul, und S. Jha. Sci Rep, 9 (1): 8480-8480 (Juni 2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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glioma
immunology
shouldread
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cancer-researchfulltextgliomaimmunologyshouldreadtcga
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1An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics
J. Liu, T. Lichtenberg, K. Hoadley, L. Poisson, A. Lazar, A. Cherniack, A. Kovatich, C. Benz, D. Levine, A. Lee und 6 andere Autor(en). Cell, 173 (2): 400-416 (April 2018)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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gdc
pan-cancer
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shouldread
survival
tcga
cancer-researchfulltextgdcpan-cancerpapershouldreadsurvivaltcga
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1Visualizing molecular profiles of glioblastoma with GBM-BioDP
O. Celiku, S. Johnson, S. Zhao, K. Camphausen, und U. Shankavaram. PLoS One, (2014)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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predictive-diagnostics
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cancer-researchdatabasefulltextopen-accessopen-datapredictive-diagnosticssoftwaretcga
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2deFuse: An Algorithm for Gene Fusion Discovery in Tumor RNA-Seq Data
A. McPherson, F. Hormozdiari, A. Zayed, R. Giuliany, G. Ha, M. Sun, M. Griffith, A. Heravi Moussavi, J. Senz, N. Melnyk und 7 andere Autor(en). PLOS Computational Biology, 7 (5): 1-16 (Mai 2011)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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glioma
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rna
rna-seq
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tcga
tcga-lgg
cancer-researchfulltextgliomalow-grademustreadrnarna-seqsoftwaretcgatcga-lgg
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1Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers
G. Ciriello, M. Miller, B. Aksoy, Y. Senbabaoglu, N. Schultz, und C. Sander. Nat Genet, 45 (10): 1127-1133 (Oktober 2013)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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glioma
lgg
low-grade
shouldread
software
tcga
cancer-researchfulltextgliomalgglow-gradeshouldreadsoftwaretcga
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1Glioma oncoprotein Bcl2L12 inhibits the p53 tumor suppressor
A. Stegh, C. Brennan, J. Mahoney, K. Forloney, H. Jenq, J. Luciano, A. Protopopov, L. Chin, und R. DePinho. Genes & Development, 24 (19, /content/24/19.cover.gif): 2194-2204 (2010)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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TP53
cancer-research
fulltext
glioblastoma
glioma
tcga
TP53cancer-researchfulltextglioblastomagliomatcga
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1Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations
M. Bailey, C. Tokheim, E. Porta-Pardo, S. Sengupta, D. Bertrand, A. Weerasinghe, A. Colaprico, M. Wendl, J. Kim, B. Reardon und 37 andere Autor(en). Cell, 173 (2): 371-385 (April 2018)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
drivers
fulltext
gdc
mustread
pan-cancer
tcga
cancer-researchdriversfulltextgdcmustreadpan-cancertcga
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1The Immune Landscape of Cancer
V. Thorsson, D. Gibbs, S. Brown, D. Wolf, D. Bortone, T. Ou Yang, E. Porta-Pardo, G. Gao, C. Plaisier, J. Eddy und 46 andere Autor(en). Immunity, 48 (4): 812-830 (April 2018)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
fulltext
gdc
immunology
pan-cancer
shouldread
tcga
cancer-researchfulltextgdcimmunologypan-cancershouldreadtcga
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1Comprehensive Analysis of Alternative Splicing Across Tumors from 8,705 Patients
A. Kahles, K. Lehmann, N. Toussaint, M. Hüser, S. Stark, T. Sachsenberg, O. Stegle, O. Kohlbacher, C. Sander, S. Caesar-Johnson und 725 andere Autor(en). Cancer Cell, 34 (2): 211--224.e6 (August 2018)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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IDH1
MUSTREAD
cancer-research
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gdc
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splicing
tcga
IDH1MUSTREADcancer-researchfulltextgdcpan-cancersplicingtcga
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1The chromatin accessibility landscape of primary human cancers
R. Akbani, C. Benz, E. Boyle, B. Broom, A. Cherniack, B. Craft, J. Demchok, A. Doane, O. Elemento, M. Ferguson und 27 andere Herausgeber (Hrsg.) Science, (2018)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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gdc
methylation
pan-cancer
shouldread
tcga
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1Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways
T. Network, R. McLendon, A. Friedman, D. Bigner, E. Van Meir, D. Brat, G. M. Mastrogianakis, J. Olson, T. Mikkelsen, N. Lehman und 222 andere Autor(en). Nature, (September 2008)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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1Multiplatform analysis of 12 cancer types reveals molecular classification within and across tissues of origin
K. Hoadley, C. Yau, D. Wolf, A. Cherniack, D. Tamborero, S. Ng, M. Leiserson, B. Niu, M. McLellan, V. Uzunangelov und 23 andere Autor(en). Cell, 158 (4): 929-944 (August 2014)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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2Toward a Shared Vision for Cancer Genomic Data
R. Grossman, A. Heath, V. Ferretti, H. Varmus, D. Lowy, W. Kibbe, und L. Staudt. New England Journal of Medicine, 375 (12): 1109-1112 (2016)PMID: 27653561.
vor 5 Jahren von @marcsaric
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1The NCI Genomic Data Commons as an engine for precision medicine
M. Jensen, V. Ferretti, R. Grossman, und L. Staudt. Blood, 130 (4): 453-459 (Juli 2017)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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