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1Michael Nachman - October 5, 2011 - MVZ
big picture talk.
12 лет назад , @peter.ralph
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1Factors and mechanisms explaining spatial heterogeneity: a review of methods for insect populations
F. Vinatier, P. Tixier, P. Duyck, и F. Lescourret. Methods in Ecology and Evolution, 2 (1): 11-22 (2011)
16 дней назад , @peter.ralph
insects
review
spatial_heterogeneity
insectsreviewspatial_heterogeneity
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1How does facilitation influence the outcome of species interactions?
S. Hart. Journal of Ecology, 111 (10): 2094-2104 (2023)
один месяц назад , @peter.ralph
coexistence
coexistence_theory
facilitation
review
species_interaction
coexistencecoexistence_theoryfacilitationreviewspecies_interaction
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1Addressing context dependence in ecology
J. Catford, J. Wilson, P. Pyšek, P. Hulme, и R. Duncan. Trends in Ecology & Evolution, 37 (2): 158-170 (2022)
один месяц назад , @peter.ralph
ecological_context
ecology
review
species_interactions
ecological_contextecologyreviewspecies_interactions
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1Precision of Population Viability Analysis
S. Ellner, J. Fieberg, D. Ludwig, и C. Wilcox. Conservation Biology, 16 (1): 258--261 (2002)
один месяц назад , @peter.ralph
population_viability_analysis
review
population_viability_analysisreview
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1Predator-Prey Arms Races: Asymmetrical selection on predators and prey may be reduced when prey are dangerous
E. Brodie II, и E. Brodie Jr.. BioScience, 49 (7): 557-568 (июля 1999)
2 месяцев назад , @peter.ralph
arms_race
coevolution
newt-snake
review
arms_racecoevolutionnewt-snakereview
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1Is there a correlation between abundance and environmental suitability derived from ecological niche modelling? A meta-analysis
M. Weber, R. Stevens, J. Diniz-Filho, и C. Grelle. Ecography, 40 (7): 817-828 (2017)
3 месяцев назад , @peter.ralph
niche_modeling
review
niche_modelingreview
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1Genomic signatures of selection at linked sites: unifying the disparity among species
A. Cutter, и B. Payseur. Nature Reviews Genetics, 14 (4): 262--274 (01.04.2013)
4 месяцев назад , @peter.ralph
linked_selection
review
linked_selectionreview
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1Synthesizing multiple data types for biological conservation using integrated population models
E. Zipkin, и S. Saunders. Biological Conservation, (2018)
7 месяцев назад , @peter.ralph
Bayesian
conservation
integrated_population_models
review
shrikes
spatial_mark-recapture
Bayesianconservationintegrated_population_modelsreviewshrikesspatial_mark-recapture
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1An integrated path for spatial capture-recapture and animal movement modeling
B. McClintock, B. Abrahms, R. Chandler, P. Conn, S. Converse, R. Emmet, B. Gardner, N. Hostetter, и D. Johnson. Ecology, 103 (10): e3473 (2022)
7 месяцев назад , @peter.ralph
integrated_population_models
mark-recapture
methods
review
spatial_capture-recapture
integrated_population_modelsmark-recapturemethodsreviewspatial_capture-recapture
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1The era of the ARG: An introduction to ancestral recombination graphs and their significance in empirical evolutionary genomics
A. Lewanski, M. Grundler, и G. Bradburd. PLOS Genetics, 20 (1): 1-24 (января 2024)
7 месяцев назад , @peter.ralph
ARG
review
tree_sequence
ARGreviewtree_sequence
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1Persistence for stochastic difference equations: a mini-review
S. Schreiber. Journal of Difference Equations and Applications, 18 (8): 1381-1403 (2012)
7 месяцев назад , @peter.ralph
Markov_chain
density_dependence
review
stochastic_population_size
Markov_chaindensity_dependencereviewstochastic_population_size
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1Estimating the functional form for the density dependence from life history data
T. Coulson, T. Ezard, F. Pelletier, G. Tavecchia, N. Stenseth, D. Childs, J. Pilkington, J. Pemberton, L. Kruuk, T. Clutton-Brock и 1 other автор(ы). Ecology, 89 (6): 1661-1674 (2008)
7 месяцев назад , @peter.ralph
demographic_models
density-dependent_regulation
density_dependence
methods
review
soay_sheep
demographic_modelsdensity-dependent_regulationdensity_dependencemethodsreviewsoay_sheep
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1Spatially Explicit Population Models: Current Forms and Future Uses
J. Dunning Jr, D. Stewart, B. Danielson, B. Noon, T. Root, R. Lamberson, и E. Stevens. Ecological Applications, 5 (1): 3-11 (1995)
7 месяцев назад , @peter.ralph
population_viability_analysis
review
simulation
spatial_simulations
spotted_owl
population_viability_analysisreviewsimulationspatial_simulationsspotted_owl
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1Making Predictions in a Changing World: The Benefits of Individual-Based Ecology
R. Stillman, S. Railsback, J. Giske, U. Berger, и V. Grimm. Bioscience, 65 (2): 140--150 (февраля 2015)
7 месяцев назад , @peter.ralph
agent-based_simulation
ecology
review
simulations
agent-based_simulationecologyreviewsimulations
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2Methodological Issues of Spatial Agent-Based Models
S. Manson, L. An, K. Clarke, A. Heppenstall, J. Koch, B. Krzyzanowski, F. Morgan, D. O’Sullivan, B. Runck, E. Shook и 1 other автор(ы). Journal of Artificial Societies and Social Simulation, (2020)
7 месяцев назад , @peter.ralph
agent-based_simulation
review
spatial_simulations
agent-based_simulationreviewspatial_simulations
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1Landscape Genetics of Plants: Challenges and Opportunities
M. Cruzan, и E. Hendrickson. Plant Communications, 1 (6): 100100 (2020)
8 месяцев назад , @peter.ralph
landscape_genetics
review
landscape_geneticsreview
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1Outstanding Challenges in the Transferability of Ecological Models
K. Yates, P. Bouchet, M. Caley, K. Mengersen, C. Randin, S. Parnell, A. Fielding, A. Bamford, S. Ban, A. Barbosa и 40 other автор(ы). Trends in Ecology & Evolution, 33 (10): 790--802 (октября 2018)
8 месяцев назад , @peter.ralph
hindcasting
niche_modeling
review
hindcastingniche_modelingreview
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1A practical overview of transferability in species distribution modeling
W. Werkowska, A. Márquez, R. Real, и P. Acevedo. Environmental Reviews, 25 (1): 127-133 (2017)
8 месяцев назад , @peter.ralph
hindcasting
niche_modeling
review
hindcastingniche_modelingreview
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1Common mistakes in ecological niche models
N. Sillero, и A. Barbosa. International Journal of Geographical Information Science, 35 (2): 213-226 (2021)
8 месяцев назад , @peter.ralph
niche_modeling
review
statistics
niche_modelingreviewstatistics
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1What does ecological modelling model? A proposed classification of ecological niche models based on their underlying methods
N. Sillero. Ecological Modelling, 222 (8): 1343-1346 (2011)
8 месяцев назад , @peter.ralph
niche_modeling
review
niche_modelingreview
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1Density-Dependent Selection
J. Travis, R. Bassar, T. Coulson, D. Reznick, и M. Walsh. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 54 (1): 85-105 (2023)
8 месяцев назад , @peter.ralph
density_dependence
density_dependent_selection
r-versus-K-selection
review
density_dependencedensity_dependent_selectionr-versus-K-selectionreview
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1Carrying Capacity of Spatially Distributed Metapopulations
B. Zhang, D. DeAngelis, и W. Ni. Trends in Ecology & Evolution, 36 (2): 164--173 (февраля 2021)
8 месяцев назад , @peter.ralph
carrying_capacity
logistic_density_dependence
review
carrying_capacitylogistic_density_dependencereview
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1Is Variation in Conspecific Negative Density Dependence Driving Tree Diversity Patterns at Large Scales?
L. Hülsmann, R. Chisholm, und F. Hartig. Trends in Ecology & Evolution, 36 (2): 151--163 (февраля 2021)
vor 8 Monaten von @peter.ralph
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Janzen-Connell
coexistence
density-dependent_regulation
density_dependence
review
spatial_ecology
Janzen-Connellcoexistencedensity-dependent_regulationdensity_dependencereviewspatial_ecology
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1Enemies Maintain Hyperdiverse Tropical Forests.
J. Terborgh. The American Naturalist, 179 (3): 303-314 (2012)
vor 8 Monaten von @peter.ralph
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Janzen-Connell
coexistence
density_dependence
review
spatial_ecology
Janzen-Connellcoexistencedensity_dependencereviewspatial_ecology
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1When do Janzen-Connell effects matter? A phylogenetic meta-analysis of conspecific negative distance and density dependence experiments
X. Song, J. Lim, J. Yang, und M. Luskin. Ecology Letters, 24 (3): 608-620 (2021)
vor 8 Monaten von @peter.ralph
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Janzen-Connell
competition
density_dependence
metastudy
review
spatial_ecology
Janzen-Connellcompetitiondensity_dependencemetastudyreviewspatial_ecology
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1Spatially Explicit Modeling in Ecology: A Review
D. DeAngelis, und S. Yurek. Ecosystems, 20 (2): 284--300 (01.03.2017)
vor 8 Monaten von @peter.ralph
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individual_based_model
review
simulation
spatial_ecology
individual_based_modelreviewsimulationspatial_ecology
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1Indices of Plant Competition
A. Weigelt, und P. Jolliffe. Journal of Ecology, 91 (5): 707--720 (2003)
vor 8 Monaten von @peter.ralph
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competition_kernel
review
spatial_ecology
competition_kernelreviewspatial_ecology
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1The total dispersal kernel: a review and future directions
H. Rogers, N. Beckman, F. Hartig, J. Johnson, G. Pufal, K. Shea, D. Zurell, J. Bullock, R. Cantrell, B. Loiselle und 6 andere Autor(en). AoB PLANTS, 11 (5): plz042 (сентября 2019)
vor 8 Monaten von @peter.ralph
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dispersal
dispersal_estimation
review
dispersaldispersal_estimationreview
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1Mechanistic models of seed dispersal by animals
J. Morales, und T. Morán López. Oikos, (2022)
vor 8 Monaten von @peter.ralph
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dispersal
long_distance_dispersal
review
seed_dispersal
dispersallong_distance_dispersalreviewseed_dispersal
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1Quantitative Analysis of Movement: Measuring and Modeling Population Redistribution in Animals and Plants
P. Turchin. Weimar and Now; 13 Sinauer, (1998)
vor 8 Monaten von @peter.ralph
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dispersal
dispersal_estimation
mark-recapture
review
spatial_ecology
dispersaldispersal_estimationmark-recapturereviewspatial_ecology
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1Data-driven Modelling of Structured Populations: A Practical Guide to the Integral Projection Model
S. Ellner, D. Childs, und M. Rees. Springer International Publishing, (2016)
vor 8 Monaten von @peter.ralph
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integral_projection_model
integro-difference
methods
review
integral_projection_modelintegro-differencemethodsreview
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1Metapopulation Dynamics: From Concepts and Observations to Predictive Models
I. Hanski. Metapopulation Biology, Academic Press, San Diego, (1997)
vor 8 Monaten von @peter.ralph
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density-dependent_regulation
density_dependence
review
spatial_structure
density-dependent_regulationdensity_dependencereviewspatial_structure
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1The interpretation of selection coefficients
N. Barton, und M. Servedio. Evolution, 69 (5): 1101-1112 (мая 2015)
vor 10 Monaten von @peter.ralph
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life_history
review
selection
what_is_selection
life_historyreviewselectionwhat_is_selection
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510 Years of GWAS Discovery: Biology, Function, and Translation
P. Visscher, N. Wray, Q. Zhang, P. Sklar, M. McCarthy, M. Brown, und J. Yang. The American Journal of Human Genetics, 101 (1): 5-22 (2017)
vor einem Jahr von @peter.ralph
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GWAS
polygenic_adaptation
review
GWASpolygenic_adaptationreview
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1Toxic Relationships and Arms-Race Coevolution Revisited
G. Bucciarelli, F. Alsalek, L. Kats, D. Green, und H. Shaffer. Annual Review of Animal Biosciences, 10 (1): 63-80 (2022)PMID: 35167315.
vor einem Jahr von @peter.ralph
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arms_race
newts
review
tetrodotoxin
arms_racenewtsreviewtetrodotoxin
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1Using computational simulations to quantify genetic load and predict extinction risk
C. Kyriazis, J. Robinson, und K. Lohmueller. bioRxiv, (2022)
vor einem Jahr von @peter.ralph
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DFE
conservation_genetics
extinction
genetic_load
review
simulation-based_inference
simulations
DFEconservation_geneticsextinctiongenetic_loadreviewsimulation-based_inferencesimulations
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3Allee effects in ecology and conservation
F. Courchamp, L. Berec, und J. Gascoigne. OUP Oxford, (2008)
vor einem Jahr von @peter.ralph
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Allee_effect
density_dependence
review
Allee_effectdensity_dependencereview
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1Techniques of spatially explicit individual-based models: construction, simulation, and mean-field analysis
L. Berec. Ecological Modelling, 150 (1): 55-81 (2002)
vor einem Jahr von @peter.ralph
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demographic_models
population_model
review
spatial_models
demographic_modelspopulation_modelreviewspatial_models
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1Ten years of individual-based modelling in ecology: what have we learned and what could we learn in the future?
V. Grimm. Ecological Modelling, 115 (2): 129-148 (1999)
vor einem Jahr von @peter.ralph
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demographic_models
ecology
individual_based_model
population_model
review
demographic_modelsecologyindividual_based_modelpopulation_modelreview
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7Individual-based Modeling and Ecology
V. Grimm, und S. Railsback. Princeton University Press, Princeton, (2005)
vor einem Jahr von @peter.ralph
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book
demographic_models
ecology
population_model
review
bookdemographic_modelsecologypopulation_modelreview
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3Mathematical ecology: why mechanistic models?
S. Geritz, und {. Kisdi. Journal of Mathematical Biology, 65 (6): 1411--1415 (01.12.2012)
vor einem Jahr von @peter.ralph
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demographic_models
ecology
population_model
review
demographic_modelsecologypopulation_modelreview
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1How to scale up from animal movement decisions to spatiotemporal patterns: An approach via step selection
J. Potts, und L. Börger. Journal of Animal Ecology, 92 (1): 16-29 (2023)
vor einem Jahr von @peter.ralph
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PDE
ecology
review
spatial_model
spatial_movement
spatial_simulations
PDEecologyreviewspatial_modelspatial_movementspatial_simulations
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1Partial Differential Equations in Ecology: Spatial Interactions and Population Dynamics
E. Holmes, M. Lewis, J. Banks, und R. Veit. Ecology, 75 (1): 17--29 (1994)
vor einem Jahr von @peter.ralph
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PDE
demographic_models
dispersal
ecology
review
PDEdemographic_modelsdispersalecologyreview
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1Incorporating Spatial Structure in Stock Assessment: Movement Modeling in Marine Fish Population Dynamics
D. Goethel, T. II, und S. Cadrin. Reviews in Fisheries Science, 19 (2): 119-136 (2011)
vor 2 Jahren von @peter.ralph
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demographic_models
fisheries
review
spatial_demography
demographic_modelsfisheriesreviewspatial_demography
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1Mutational Signatures: From Methods to Mechanisms
Y. Kim, M. Leiserson, P. Moorjani, R. Sharan, D. Wojtowicz, und T. Przytycka. Annual Review of Biomedical Data Science, 4 (1): 189-206 (2021)PMID: 34465178.
vor 3 Jahren von @peter.ralph
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context-dependent-mutation
mutation_spectrum
review
context-dependent-mutationmutation_spectrumreview
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1Evolutionary genetics of translocated island populations of birds: data and opportunities
J. Dwyer, R. Laws, und C. Grueber. Emu - Austral Ornithology, 121 (1-2): 136-146 (2021)
vor 3 Jahren von @peter.ralph
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conservation_genetics
review
translocations
conservation_geneticsreviewtranslocations
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1Harmonic analysis as the exploitation of symmetry--a historical survey
G. Mackey. Bulletin (New Series) of the American Mathematical Society, 3 (1.P1): 543 -- 698 (1980)
vor 3 Jahren von @peter.ralph
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Fourier_transform
harmonic_analysis
representation_theory
review
Fourier_transformharmonic_analysisrepresentation_theoryreview
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1Size bias for one and all
R. Arratia, L. Goldstein, und F. Kochman. Probability Surveys, (января 2019)
vor 3 Jahren von @peter.ralph
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branching_processes
review
size_biasing
branching_processesreviewsize_biasing
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1Adaptive learning in continuous-time: techniques and theory
C. Lester. University of Oregon, PhD thesis, (2021)
vor 3 Jahren von @peter.ralph
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Hamilton-Jacobi-Bellman
Kalman_filter
economics
optimization
review
Hamilton-Jacobi-BellmanKalman_filtereconomicsoptimizationreview
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1Novel genomic approaches to study antagonistic coevolution between hosts and parasites
H. Märkle, S. John, A. Cornille, P. Fields, und A. Tellier. Molecular Ecology, (2021)
vor 3 Jahren von @peter.ralph
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coevolution
host-parasite
review
coevolutionhost-parasitereview
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1How can we infer geography and history from gene frequencies?
J. Felsenstein. Journal of Theoretical Biology, 96 (1): 9--20 (мая 1982)
vor 3 Jahren von @peter.ralph
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geographic_methods
migration_estimation
review
geographic_methodsmigration_estimationreview
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1Developmental Bias and Evolution: A Regulatory Network Perspective
T. Uller, A. Moczek, R. Watson, P. Brakefield, und K. Laland. Genetics, 209 (4): 949-966 (июля 2018)
vor 3 Jahren von @peter.ralph
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developmental_systems_drift
network_evolution
quantitative_genetics
regulatory_networks
review
developmental_systems_driftnetwork_evolutionquantitative_geneticsregulatory_networksreview
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3Perspective: Evolution and detection of genetic robustness
J. de Visser, J. Hermisson, G. Wagner, L. Meyers, H. Bagheri-Chaichian, J. Blanchard, L. Chao, J. Cheverud, S. Elena, W. Fontana und 9 andere Autor(en). Evolution, 57 (9): 1959-1972 (2003)
vor 3 Jahren von @peter.ralph
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regulatory_networks
review
robustness
regulatory_networksreviewrobustness
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1Selected topics on reaction-diffusion-advection models from spatial ecology
K. Lam, S. Liu, und Y. Lou. (2020)cite arxiv:2004.07978.
vor 3 Jahren von @peter.ralph
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reaction-diffusion
review
spatial_demography
reaction-diffusionreviewspatial_demography
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1Host–parasite co-evolution and its genomic signature
D. Ebert, und P. Fields. Nature Reviews Genetics, 21 (12): 754--768 (2020)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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coevolution
host-parasite
review
coevolutionhost-parasitereview
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1Patterns, Process, and the Parable of the Coffeepot Incident: Arms Races Between Newts and Snakes from Landscapes to Molecules
E. Brodie. In the Light of Evolution: Essays from the Laboratory and Field, Roberts and Company, (2010)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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Taricha
coevolution
garter_snakes
newts
review
Tarichacoevolutiongarter_snakesnewtsreview
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1How to estimate kinship
J. Goudet, T. Kay, und B. Weir. Molecular Ecology, 27 (20): 4121-4135 (2018)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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kinship
methods
review
kinshipmethodsreview
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1Dos and don'ts of testing the geographic mosaic theory of coevolution
R. Gomulkiewicz, D. Drown, M. Dybdahl, W. Godsoe, S. Nuismer, K. Pepin, B. Ridenhour, C. Smith, und J. Yoder. Heredity, 98 (5): 249--258 (2007)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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coevolution
geographic_mosaic
review
coevolutiongeographic_mosaicreview
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1Variation in infectivity and aggressiveness in space and time in wild host–pathogen systems: causes and consequences
A. Tack, P. Thrall, L. Barrett, J. Burdon, und A. Laine. Journal of Evolutionary Biology, 25 (10): 1918-1936 (2012)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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coevolution
geogric_mosaic
host-parasite
review
coevolutiongeogric_mosaichost-parasitereview
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510 Years of GWAS Discovery: Biology, Function, and Translation
P. Visscher, N. Wray, Q. Zhang, P. Sklar, M. McCarthy, M. Brown, und J. Yang. Am J Hum Genet, 101 (1): 5-22 (июля 2017)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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GWAS
review
GWASreview
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1Models of plant-pathogen coevolution
S. Frank. Trends in Genetics, 8 (6): 213 - 219 (1992)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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coevolution
host-parasite
review
coevolutionhost-parasitereview
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1Biological and biomedical implications of the co-evolution of pathogens and their hosts
M. Woolhouse, J. Webster, E. Domingo, B. Charlesworth, und B. Levin. Nat Genet, 32 (4): 569-577 (декабря 2002)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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coevolution
host-parasite
review
coevolutionhost-parasitereview
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1Complex Trait Prediction from Genome Data: Contrasting EBV in Livestock to PRS in Humans
N. Wray, K. Kemper, B. Hayes, M. Goddard, und P. Visscher. Genetics, 211 (4): 1131--1141 (апреля 2019)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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animal_breeding
domestication
polygenic_scores
polygenic_traits
review
animal_breedingdomesticationpolygenic_scorespolygenic_traitsreview
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1Indirect measures of gene flow and migration: $F_ST 1/(4Nm + 1)$
M. Whitlock, und D. McCauley. Heredity (Edinb), (февраля 1999)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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F_ST
review
spatial_structure
F_STreviewspatial_structure
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1The frontier of simulation-based inference
K. Cranmer, J. Brehmer, und G. Louppe. (2019)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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review
simulation-based_inference
statistics
reviewsimulation-based_inferencestatistics
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2Inbreeding and Variance Effective Population Numbers
J. Crow, und C. Denniston. Evolution, 42 (3): 482--495 (1988)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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effective_population_size
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1The genetic differentiation at quantitative trait loci under local adaptation
V. Le Corree, und A. Kremer. Molecular Ecology, 21 (7): 1548-1566 (2012)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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F_ST
Q_ST
local_adaptation
quantitative_genetics
quantitative_traits
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F_STQ_STlocal_adaptationquantitative_geneticsquantitative_traitsreading_groupreview
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1Close-Kin Mark-Recapture
M. Bravington, H. Skaug, und E. Anderson. Statistical Science, 31 (2): 259--274 (мая 2016)
vor 4 Jahren von @peter.ralph
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close-kin-mark-recapture
demographic_inference
demography
methods
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statistics
close-kin-mark-recapturedemographic_inferencedemographymethodsreviewstatistics
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1How long does it take to fix a favorable mutation, and why should we care?
B. Charlesworth. American Naturalist, (2020)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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diffusion_theory
fixation_time
population_genetics
probability_of_fixation
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diffusion_theoryfixation_timepopulation_geneticsprobability_of_fixationreview
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10A Comprehensive Survey on Graph Neural Networks
Z. Wu, S. Pan, F. Chen, G. Long, C. Zhang, und P. Yu. (2019)cite arxiv:1901.00596.
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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graph_neural_networks
graph_theory
neural_networks
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graph_neural_networksgraph_theoryneural_networksreview
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1Survival analysis part II: multivariate data analysis--an introduction to concepts and methods
M. Bradburn, T. Clark, S. Love, und D. Altman. Br J Cancer, 89 (3): 431-436 (августа 2003)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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review
statistics
survival_analysis
reviewstatisticssurvival_analysis
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1Survival analysis part I: basic concepts and first analyses
T. Clark, M. Bradburn, S. Love, und D. Altman. Br J Cancer, 89 (2): 232-238 (июля 2003)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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survival_analysis
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1Evolutionary constraint and ecological consequences
D. Futuyma. Evolution, 64 (7): 1865-1884 (2010)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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evolutionary_constraint
niche_partitioning
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evolutionary_constraintniche_partitioningreview
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1How do plant ecologists use matrix population models?
E. Crone, E. Menges, M. Ellis, T. Bell, P. Bierzychudek, J. Ehrlén, T. Kaye, T. Knight, P. Lesica, W. Morris und 6 andere Autor(en). Ecology Letters, 14 (1): 1-8 (2011)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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conservation
demographic_models
matrix_models
review
conservationdemographic_modelsmatrix_modelsreview
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1Ability of Matrix Models to Explain the Past and Predict the Future of Plant Populations
E. Crone, M. Ellis, W. Morris, A. Stanley, T. Bell, P. Bierzychudek, J. Ehrlén, T. Kaye, T. Knight, P. Lesica und 10 andere Autor(en). Conservation Biology, 27 (5): 968-978 (2013)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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conservation
demographic_models
demography
matrix_models
prediction
review
conservationdemographic_modelsdemographymatrix_modelspredictionreview
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1Are plant populations seed-limited? A review of seed sowing experiments
L. Turnbull, M. Crawley, und M. Rees. Oikos, 88 (2): 225-238 (2000)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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demography
density_dependence
dispersal
evolution_of_dispersal
plant_demography
review
seed_limitation
demographydensity_dependencedispersalevolution_of_dispersalplant_demographyreviewseed_limitation
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1The Ecological and Genetic Consequences of Density-Dependent Regulation in Plants
J. Antonovics, und D. Levin. Annual Review of Ecology and Systematics, 11 (1): 411-452 (1980)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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demographic_models
density_dependence
population_dynamics
review
demographic_modelsdensity_dependencepopulation_dynamicsreview
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1Spatial Dynamics in Model Plant Communities: What Do We Really Know?
B. Bolker, S. Pacala, und C. Neuhauser. The American Naturalist, 162 (2): 135-148 (2003)PMID: 12858259.
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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Bolker-Pacala
density-dependent_regulation
density_dependence
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spatial_demography
Bolker-Pacaladensity-dependent_regulationdensity_dependencereviewspatial_demography
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1Heterogeneous genome divergence, differential introgression, and the origin and structure of hybrid zones
R. Harrison, und E. Larson. Mol Ecol, 25 (11): 2454-2466 (июня 2016)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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genomic_landscape
hybrid_zones
introgression
review
genomic_landscapehybrid_zonesintrogressionreview
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1Spatial Population Genetics: It's About Time
G. Bradburd, und P. Ralph. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 50 (1): 427-449 (2019)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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myown
review
spatial_population_genetics
tree_sequence
myownreviewspatial_population_geneticstree_sequence
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1Genetic drift, selection and the evolution of the mutation rate
M. Lynch, M. Ackerman, J. Gout, H. Long, W. Sung, W. Thomas, und P. Foster. Nature Reviews Genetics, (октября 2016)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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mutation_rate
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mutation_ratereview
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1Thinking About the Evolution of Complex Traits in the Era of Genome-Wide Association Studies
G. Sella, und N. Barton. Annual Review of Genomics and Human Genetics, 20 (1): null (2019)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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polygenic_adaptation
polygenic_traits
quantitative_genetics
review
polygenic_adaptationpolygenic_traitsquantitative_geneticsreview
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1Dissecting differentiation landscapes: a linked selection's perspective
R. Burri. Journal of Evolutionary Biology, 30 (8): 1501-1505 (2017)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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genomic_landscape
linked_selection
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genomic_landscapelinked_selectionreview
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3Estimating and interpreting FST: the impact of rare variants
G. Bhatia, N. Patterson, S. Sankararaman, und A. Price. Genome Res, 23 (9): 1514-1521 (сентября 2013)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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F_ST
population_genetics
review
F_STpopulation_geneticsreview
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1Prediction and estimation of effective population size
J. Wang, E. Santiago, und A. Caballero. Heredity (Edinb), 117 (4): 193--206 (октября 2016)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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coalescent_theory
effective_population_size
methods
review
coalescent_theoryeffective_population_sizemethodsreview
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1Effective Population Size and Population Subdivision in Demographically Structured Populations
V. Laporte, und B. Charlesworth. Genetics, 162 (1): 501--519 (2002)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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coalescent_theory
effective_population_size
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coalescent_theoryeffective_population_sizereview
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1Spatially structured statistical network models for landscape genetics
E. Peterson, E. Hanks, M. Hooten, J. Ver Hoef, und M. Fortin. Ecological Monographs, 89 (2): e01355 (2019)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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landscape_genetics
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landscape_geneticsmethodsresistance_distancereview
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1Strong patterns of intraspecific variation and local adaptation in Great Basin plants revealed through a review of 75 years of experiments
O. Baughman, A. Agneray, M. Forister, F. Kilkenny, E. Espeland, R. Fiegener, M. Horning, R. Johnson, T. Kaye, J. Ott und 2 andere Autor(en). Ecology and Evolution, (2019)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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common_garden
local_adaptation
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common_gardenlocal_adaptationreview
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4Inverse problems: A Bayesian perspective
A. Stuart. (2010)
vor 5 Jahren von @peter.ralph
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statistics
Gaussian_processesinverse_problemsreviewstatistics
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1Intraspecific Phylogeography: The Mitochondrial DNA Bridge Between Population Genetics and Systematics
J. Avise, J. Arnold, R. Ball, E. Bermingham, T. Lamb, J. Neigel, C. Reeb, und N. Saunders. Annual Review of Ecology and Systematics, 18 (1): 489-522 (1987)
vor 6 Jahren von @peter.ralph
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empirical_genealogy
mitochondria
original
phylogeography
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empirical_genealogymitochondriaoriginalphylogeographyreview
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1Potential for evolutionary responses to climate change - evidence from tree populations
F. Alberto, S. Aitken, R. Alía, S. González-Martínez, H. Hänninen, A. Kremer, F. Lefèvre, T. Lenormand, S. Yeaman, R. Whetten und 1 andere Autor(en). Glob Chang Biol, 19 (6): 1645-1661 (июня 2013)
vor 6 Jahren von @peter.ralph
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provenance_trials
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trees
local_adaptationprovenance_trialsreviewtrees
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1Evolution in the light of fitness landscape theory
I. Fragata, A. Blanckaert, M. Dias Louro, D. Liberles, und C. Bank. Trends in Ecology & Evolution, (2018)
vor 6 Jahren von @peter.ralph
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1Developmental Constraints and Evolution: A Perspective from the Mountain Lake Conference on Development and Evolution
J. Smith, R. Burian, S. Kauffman, P. Alberch, J. Campbell, B. Goodwin, R. Lande, D. Raup, und L. Wolpert. The Quarterly Review of Biology, 60 (3): 265--287 (1985)
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network_evolution
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developmental_systems_driftnetwork_evolutionreview
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3Perspective: Evolution and detection of genetic robustness
J. Visser, J. Hermisson, G. Wagner, L. Meyers, H. Bagheri-Chaichian, J. Blanchard, L. Chao, J. Cheverud, S. Elena, W. Fontana und 9 andere Autor(en). Evolution, 57 (9): 1959-1972 (2003)
vor 6 Jahren von @peter.ralph
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canalization
networks
regulatory_networks
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canalizationnetworksregulatory_networksreviewrobustness
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2Euclidean Distance Matrices: Essential Theory, Algorithms and Applications
I. Dokmanic, R. Parhizkar, J. Ranieri, und M. Vetterli. (2015)cite arxiv:1502.07541.
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Euclidean-distance_matrices
MDS
dimensionality_reduction
inverse_problems
matrix_decomposition
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visualization
Euclidean-distance_matricesMDSdimensionality_reductioninverse_problemsmatrix_decompositionreviewvisualization
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1Epistasis--the essential role of gene interactions in the structure and evolution of genetic systems
P. Phillips. Nat Rev Genet, 9 (11): 855-867 (ноября 2008)
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networks
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epistasisnetwork_evolutionnetworksreading_groupreview
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1The road to modularity
G. Wagner, M. Pavlicev, und J. Cheverud. Nat Rev Genet, 8 (12): 921-931 (декабря 2007)
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reading_group
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reading_groupregulatory_networksreview
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2Evolutionary systems biology: What it is and why it matters
O. Soyer, und M. O'Malley. BioEssays, 35 (8): 696-705 (2013)
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robustness
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reading_groupregulatory_networksreviewrobustnesssystems_biology
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2Demographic and genetic approaches to study dispersal in wild animal populations: A methodological review
H. Cayuela, Q. Rougemont, J. Prunier, J. Moore, J. Clobert, A. Besnard, und L. Bernatchez. Molecular Ecology, (2018)
vor 6 Jahren von @peter.ralph
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demography
dispersal_estimation
review
demographydispersal_estimationreview
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2A guide to Brownian motion and related stochastic processes
J. Pitman, und M. Yor. (2018)
vor 6 Jahren von @peter.ralph
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