Der Weinbau an den Südlagen der Donau dürfte bereits in der Römerzeit begonnen haben, wenngleich archäologische Zeugnisse von Beweischarakter hierfür fehlen.
Erste urkundliche Erwähnungen des Weinbaus in Altbayern gehen auf die Zeit der bajuwarischen Landnahme zurück, d. h. auf das 6. und 7. Jahrhundert n. Chr. Bischof Aribo von Freising spricht 649 in der Vita des Heiligen Emmeram von Regensburg bereits von der "regio Baiovariorum viniferax", d. h. "das weintragende Land der Bajuwaren". Schon im 8. Jahrhundert werden die Orte Winzer, Kruckenberg und Bach an der Donau als Weinanbaustätten erwähnt, bis zum Beginn des 11. Jahrhunderts auch Orte wie Windischbergerdorf bei Cham oder Mendorf bei Vohburg, Großen- und Kleinviecht bei Freising, Bergen bei Inkofen im Ampertal, das Kloster Herrenchiemsee und viele andere mehr.
Im Früh- und Hochmittelalter verbleibt der Weinbau an den Hängen der Donau überwiegend in der Hand der großen Klöster und Herrensitze, von Kelheim bis Passau, wie z. B. St. Emmeran oder St. Jakob in Regensburg. Die Anbauflächen werden von den Lehnsherren als Lehen an die Weinzierl (Weinzerzieher) genannten Winzer vergeben, die je nach Vertrag bis zu 2/3 des Weines an die Grundherrschaft abgeben müssen. Wird mit dem Weinbau zunächst nur der Eigenbedarf gedeckt, so sind in dieser Zeit allmählich auch die Anfänge des gewerblichen Weinbaus zu erkennen. Im Jahr 1271 wird der Baierwein erstmalig als solcher namentlich erwähnt.
Mit dem Anwachsen des klösterlichen und weltlichen Grundbesitzes nimmt die Produktion an Baierwein zu. Allein die Stadt Regensburg besitzt im Jahr 1509 42 Weingärten. Allerdings werden bei aufblühendem Fernhandel im Stammesherzogtum Bayern auch zunehmend Weine anderer Provenienz bekannt und beliebt. Regensburg, das Zentrum des Baierweins, entwickelt sich zu einem Hauptumschlagsplatz, mit Weinlände, Weintor und Weinstadel an der Donau. Allerdings wird immer mehr mit Weinen aus Österreich, Südtirol, Italien und Württemberg gehandelt. Bereits um 1400 sind in Regensburg 35 Weinhändler registriert, davon 13 Fernhändler, vornehmlich mit Verbindungen nach Süden. Der Baierwein selbst wird eher als Volksgetränk aufgefasst, besitzt bei relativ geringer Güte keine überregionale Bedeutung und wird damit auch nicht zum Exportschlager.
Die historische Weinpresse im Biethaus von Bach a. d. Donau
Aber immerhin lassen die Wittelsbacher Herzöge alljährlich um die 40000 Liter Baierwein in ihre Münchner Residenz liefern, bei der Landshuter Fürstenhochzeit im Jahr 1475 werden 170 große Fässer, d. h. ca. 300000 Liter Baierwein getrunken. Der bayerische Geschichtsschreiber Johann Georg Turmair, genannt Aventinus, vermerkt um 1530: "Der gemeine Mann aus dem Gäu sitzt Tag und Nacht beim Wein".
Ab ca. 1600 erhält der Baierwein zunehmend Konkurrenz durch das bayerische Bier, welches bereits in brautechnischen Varianten (ober- und untergäriges Bier) hergestellt wird und wenig witterungsabhängig produziert werden kann. Dagegen gehen nach mehreren Missernten in den relativ kühlen Jahren zwischen 1553 und 1628 die Anbauquoten des Baierwein deutlich zurück. Hinzu kommt, dass im Rahmen der Reformation viele Klöster aufgelöst werden und damit als Förderer des Weinbaus entfallen.